Auf einem vernünftigen Windows-Setup arbeite ich nicht mit einem Benutzer mit Admin-Rechten. Folglich muss ich TD mit "als Admin installieren" ausführen.
Das führt dazu, dass am Ende der Installation TD als Admin ausgeführt wird. Natürlich führe ich TD sonst nur als nicht-privilegierter Benutzer aus, für den Admin ist das nichts.
Der Installer sollte erkennen, dass Admin-Rechte benötigt werden, und diese temporär verlangen (so wie es alle anderen Installer machen). Am Schluss kann dann TD wieder ohne Admin-Privilegien für den korrekten Benutzer gestartet werden, damit auch das richtige $HOME$ Verzeichnis gelesen wird.
Edit:
TD 3.0.5.163, Win 7 SP1 Ultimate 64 bit