Du kannst Filter einstellen, mit denen bestimmte Dateien und Verzeichnisse von der Synchronisation ausgeschlossen werden.
Schau mal hier http://forum.teamdrive.net/viewtopic.php?f=3&t=1216&p=3798&hilit=filter#p3798
Ist allerdings momentan noch nicht so richtig komfortabel. Eine Lösung in der GUI wurde aber bereits angekündigt. Die 3.0 soll ja auf dem Weg sein
Und notier dir die Änderungen. Zumindest unter Mac OS X wird die Datei bei einem Update überschrieben.